動物的腸道生態系統包括非常復雜和動態的微生物生態系統，從營養學、生理學和病理學的角度來看，都是非常重要的。魚腸道微生物群中，細菌(需氧、兼性厭氧和專性厭氧)是主要的定殖微生物，常見的有弧菌、氣單胞菌、黃桿菌、假單胞菌、腸桿菌、微球菌、不動桿菌、梭狀芽孢桿菌、鐮刀菌和類桿菌等等，可能會因物種和環境條件的不同而不同。
腸道微生物在魚類生長過程中起著非常重要的作用，其平衡狀態關系到魚類機體的健康。正常的腸道微生物菌群對魚體有如下作用：
1.營養功能
健康魚類的腸道微生物可以分泌多種消化酶，如蛋白酶，磷酸酶，脂肪酶，淀粉酶，纖維素酶等。這些消化酶能夠作為魚類腸道內消化酶的一個重要來源，幫助魚類更好地消化吸收某些營養物質。還有研究表明，魚類腸道中的微生物可以合成多種維生素，其中關于維生素B12的報道比較多見。在魚類的腸道中，合成維生素B12的主要為厭氧微生物。另外，研究發現腸道微生物還能產生脂肪酸供魚體利用，有助于魚類對營養物質的消化吸收。
2.免疫調節
腸道中的免疫系統，即腸相關淋巴組織，主要包括淋巴細胞，漿細胞，嗜酸性粒細胞以及其他幾種粒細胞。研究表明，魚類腸道內的微生物與魚類腸道上皮細胞的增殖，成熟以及免疫功能相關。對斑馬魚腸道微生物的研究中發現，腸道中某些微生物的一些功能物質可以刺激腸道上皮細胞增殖，促進營養物質代謝，刺激斑馬魚自身免疫系統的應答反應。實驗結果顯示，在虹鱒的飼料中添加不同處理方式的乳酸菌，活的乳酸菌比熱致死的乳酸菌能更好誘導巨噬細胞的吞噬活性和補體功能，并且使血漿免疫球蛋白水平呈現增加趨勢。
3.抑制病原菌
魚類腸道內種類繁多的微生物在抑制病原微生物方面起到了非常重要的作用，可保護宿主魚類免受病原微生物的侵害。有些種類的細菌具有廣譜性的抑制作用，可以抑制多種病原微生物。肉桿菌屬的細菌在鮭魚的腸道中比較常見，它能夠抑制嗜水氣單胞菌，殺鮭氣單胞菌，嗜鰭黃桿菌，米氏鏈球菌等細菌。
近些年來，魚類腸道微生物的調控問題備受關注。許多研究表明，益生素在飼料或者水體中的添加，能夠提高魚類的生產性能，飼料利用率和免疫能力。
近年來，由于分子生物學技術在研究中的應用，魚類腸道微生物菌群的功能得到深入地研究，一些之前未被發現的微生物菌群也相繼被發現。更多的了解魚類腸道微生物更為詳細的組成與作用機理，能夠對魚類腸道微生物進行更好的調控和管理，對魚類的健康起到積極的作用。
參考資料
Sukanta K Nayak. Role of gastrointestinal microbiota in fish. Aquaculture Research, 2010, 41, 1553-1573.
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