按照微生物與氧的關系，可將其大致分為好氧微生物（好氧菌）和厭氧微生物（厭氧菌）兩大類，進一步又可細分為五類：
（1）專性好氧菌。這類微生物必須在較高濃度分子氧的條件下才能生長，絕大多數真菌和多數細菌、放線菌都是專性好氧菌。
（2）兼性厭氧菌。這類微生物以在有氧條件下生長為主，也可兼在厭氧條件下生長，有時也稱“兼性好氧菌”，許多酵母菌都是兼性厭氧菌。
（3）微好氧菌。這類微生物只能在較低氧分壓條件下才能正常生長，如霍亂弧菌等。
（4）耐氧菌。耐氧性厭氧菌的簡稱，這類微生物可在分子氧存在條件下進行發酵性厭氧生活。它們的生長不需要任何氧，但分子氧對它們也無害，通常乳酸菌屬多為耐氧菌。
（5）厭氧菌。有一般厭氧菌與嚴格厭氧菌（專性厭氧菌）之分，這類微生物即使短期內接觸分子氧也會抑制其活性甚至致死，其生命活動所需能量通過發酵和無氧呼吸等方式提供，常見的厭氧菌有雙歧桿菌屬等。
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